附属学校管理处（原附属学校筹建工作办公室，成立于2020年9月，2025年7月更名为附属学校管理处）为学校独立的二级单位，是学校统筹附属学校建设与管理的职能部门。

附属学校管理处在学校党委领导下，代表学校统一行使附属学校管理职责，工作职责主要包括健全共建共管合作办学机制、指导附属学校编制中长期发展规划、规范管理附属学校专项经费并强化绩效监督、推动附属学校海洋教育品牌塑造、配合开展附属学校质量监测与督导评估以及落实教育部县中托管与对口帮扶任务等。